Рабочим органом НКК является Секретариат. В целях исполнения своих функций Cекретариат осуществляет:

— от имени НКК осуществляет координацию деятельности по профилактическим мероприятиям по СПИДу, туберкулезу и малярии; — разработку годового рабочего плана НКК;

— обеспечение информацией Председателя и заместителя Председателя НКК;

— организацию и проведение заседаний НКК, информирование постоянных и непостоянных членов НКК относительно даты и повестки дня;

— подготовку материалов для рассмотрения на заседании НКК;

— обеспечение необходимых материалов от имени НКК по мере требования партнерам; — подготовку годовых отчетов и их распространение среди членов НКК;

— введение документации заседаний НКК;

— сотрудничество с государственными, международными и неправительственными учреждениями;

— координацию деятельности предоставления услуг, относящихся к ВИЧ/СПИДу, туберкулезу и малярии на национальном и областном уровнях.

— создание и организацию работы технической рабочей группы (ТРГ);

— обеспечение Мониторинга и Оценки (МиО) эпидемии ВИЧ/СПИД, туберкулеза и малярии и национального реагирования на всех уровнях.