Рабочим органом Национального комитета является секретариат. Секретариат возглавляет ответственный секретарь, который утверждается членами Национального комитета по представлению председателя Национального комитета. Секретариат действует на основании настоящего положения. В целях исполнения своих функций секретариат осуществляет:

— действует в рамках своих полномочий, решает вопросы по согласованию с председателем Национального комитета;
— координацию деятельности профилактических мероприятий, направленных на борьбу с вирусом иммунодефицита человека/синдрома приобретенного иммунодефицита, туберкулезом и малярией от имени Национального комитета;
— разработку годового рабочего плана Национального комитета;
— обеспечение информацией Председателя и заместителя Председателя Комитета;
— организацию работы заседаний Национального комитета, информирование его членов относительно даты и повестки дня;
— подготовку материалов для рассмотрения на заседании Национального комитета;
— обеспечение материалами членов Национального комитета;
— ведение документации заседаний Национального комитета;
— сотрудничество с государственными, международными и общественными организациями по согласованию с членами Национального комитета;
— координации деятельности предоставления услуг, относящихся к проблемам синдрома приобретенного иммунодефицита, туберкулеза и малярии на национальном и областном уровнях;
— организация работы технических рабочих групп.